Фамилия Маноконова — женская форма от Маноконов, и её разбор стоит начать с необычного суффикса. Модель на -онов встречается реже, чем массовые -ов или -ев, и обычно указывает на основу, оканчивающуюся на твёрдый согласный, но здесь корень явно иноязычный. Скорее всего, в основе лежит тюркское мужское имя Манокон или прозвище, образованное от слов «ман» (в ряде тюркских языков — «родинка», «метка» или «десять тысяч») и «кон» (кровь, либо «день», «солнце»). Однако точное значение зависит от конкретного языка: в казахском или татарском «ман» могло означать «счастье», «удача», а «кон» — «кочевье», «стоянка». Таким образом, исходное прозвище могло относиться к человеку, имевшему заметную родинку, либо к удачливому кочевнику.

Географически фамилия редкая и тяготеет к южным регионам России, особенно к Ростовской области и Ставрополью, а также к Закавказью. Встречается она и у казаков, что неудивительно: донские и терские казаки активно заимствовали тюркские прозвища, которые затем превращались в фамилии. В таком контексте Манокон могло быть уличным прозвищем казака, отличавшегося смуглой кожей или особым говором, — позже его записали в официальные документы с русским патронимическим суффиксом.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что более распространён вариант Манокин — он образован по модели -ин от той же основы, но с усечением. Маноконов же сохранил полную форму прозвища, что говорит о более поздней или более формальной фиксации: вероятно, предок был записан под полным именем-прозвищем, а не под кратким вариантом. Встречается также написание Монаконов — с перестановкой гласных, что типично для устной передачи фамилии в малограмотной среде XIX века.

Сословная принадлежность носителей фамилии не прослеживается по массовым данным, но по модели образования и ареалу можно предположить, что предки Маноконовых были либо казаками, либо государственными крестьянами южных губерний. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.