Фамилия Маномах стоит особняком в русском ономастиконе. Она не образована от прозвища, профессии или крестильного имени — её основа восходит к греческому прозванию византийского императора Константина IX Мономаха (греч. Μονομάχος — «единоборец»). В XI веке это прозвание унаследовал его внук, Владимир Всеволодович Мономах, великий князь киевский. Именно от этого княжеского имени и пошла фамилия, но не напрямую: в древнерусской традиции потомков не называли по деду-императору, а сам князь был просто Мономахом по прозвищу.

Фамилия Маномах — искусственного происхождения, что резко отличает её от крестьянских или дворянских родовых имён. Она появилась в среде духовенства, причём довольно поздно, в XVIII–XIX веках. Семинаристы, получая фамилию при поступлении, нередко брали звучные, «античные» или «византийские» варианты, чтобы подчеркнуть учёность и принадлежность к церковной элите. Маномах — один из таких случаев: её давали либо в честь князя Владимира Мономаха, либо как символ царственного происхождения и мудрости. Иногда фамилию присваивали выпускникам, отличившимся в изучении истории или греческого языка.

Важно не путать Маномаха с фамилией Мономахов. Второй вариант встречается чаще и тоже восходит к тому же княжескому прозвищу, но Маномах — более редкая и книжная форма, с усечением второго «о» и сохранением греческого корня. В дореволюционных списках духовных учебных заведений Маномахи попадаются реже, чем Мономаховы, что подтверждает её элитарный, «штучный» характер.

Распространение фамилии — преимущественно центральные губернии России, где располагались семинарии: Московская, Владимирская, Ярославская. В крестьянской среде Маномахов почти не было, так как фамилии там складывались по другой модели — от отца или ремесла. Таким образом, предки современных Маномахов с большой вероятностью были либо священниками, либо выходцами из духовного сословия, получившими фамилию за учёбу. Других версий — например, связи с греческими переселенцами или татарскими родами — нет, и они не подтверждаются историческими источниками.