Фамилия Маньшакова (мужская форма — Маньшаков) образована от прозвища или нецерковного имени Маньшак. Основа здесь — Маньша, уменьшительная форма от канонического имени Мануил (в русском обиходе часто звучало как Мануйло, отсюда и уменьшительные Маня, Маньша). Имя Мануил имеет древнееврейское происхождение и означает «с нами Бог». Однако в народной среде имя быстро обрастало прозвищными формами, и Маньша могло закрепиться за человеком как самостоятельное бытовое имя, без прямой связи с крестильным.

Суффикс -ак в основе Маньшак указывает на принадлежность: в русской ономастике -ак часто добавляли к личным именам и прозвищам, образуя фамильные или уличные прозвания (ср. Кузьмак, Иванак, Бурнак). Таким образом, Маньшак — это «сын или потомок Маньши», а фамилия Маньшаков/Маньшакова закрепилась за родом, где предка звали Маньшой. Встречается и альтернативная версия: от тюркского слова «маньшак» (нечто маленькое, крошечное), но она менее вероятна, поскольку фамилия имеет чёткую славянскую словообразовательную модель с суффиксом -ов, а тюркские заимствования обычно давали бы окончание -ев или сохраняли исходную форму без суффикса.

Географически фамилия Маньшаковы встречается преимущественно в северных и центральных регионах России — в Архангельской, Вологодской, Костромской областях. Там имя Мануил было популярно в крестьянской среде, а уменьшительные формы вроде Маньша давали начало множеству фамилий. В документах XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян и посадских людей с прозвищем Маньшак, что подтверждает бытовое, а не книжное происхождение фамилии.

Сословная принадлежность носителей фамилии в прошлом — в основном крестьяне и мещане. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что типично для фамилий, образованных от уменьшительных форм крестильных имён в простонародной среде. Сегодня фамилия редкая, но сохранилась в тех же регионах, а также встречается у потомков переселенцев в Сибири и на Урале.