Фамилия Маншушева — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа, «Маншуш», не встречается в современных русских именах и прозвищах, что сразу указывает на иноязычный корень, скорее всего, тюркский или кавказский.

Наиболее вероятная версия — образование от тюркского имени или прозвища Маншуш. В тюркских языках корень «ман» нередко связан со значением «родинка» или «пятно», а «шуш» может быть вариантом слова «сюсю» — «вода», «река», либо диалектным прозвищем. В целом имя Маншуш могло означать «человек с родинкой» или «водяной», «живущий у воды». Суффикс «-ев» в фамилии — типичный русский патронимический суффикс, который прикреплялся к нерусским именам при оформлении фамилий в XIX веке. Таким образом, Маншушев — это «сын Маншуша» или «потомок Маншуша».

Другая, менее распространённая гипотеза связывает фамилию с тюркским словом «манш» — «указ», «повеление». Тогда Маншуш могло быть прозвищем исполнителя указов, гонца или писаря. Однако эта версия слабее, так как слово «манш» в значении «указ» — это арабизм, вошедший в тюркские языки через османскую администрацию, и его использование в качестве личного прозвища маловероятно.

Географически фамилия Маншушева тяготеет к регионам с тюркским населением — Поволжье, Северный Кавказ, Закавказье. Встречается она и у татар, и у народов Дагестана. Нередко такие фамилии возникали в среде крещёных татар или горских народов, когда при переходе в православие или при переписи населения старые родовые имена записывали с русскими фамильными суффиксами.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Маншу́шева, хотя возможен и вариант с ударением на первый слог в диалектах. Сословная принадлежность предков Маншушевых не определяется однозначно — это могли быть как крестьяне, так и мелкие служилые люди, получившие фамилию по отцу.