Фамилия Манцкова образована от мужской формы Манцков, и её происхождение стоит искать не в географическом названии и не в редком ремесле, а в личном имени или прозвище. Основа — Манц(к) — это, скорее всего, уменьшительная форма крестильного имени Мануил (от древнееврейского «Эммануил» — «с нами Бог»). В русской народной традиции такие имена часто сокращали: Мануил превращался в Маню, Манюшу, а затем и в Манца. Подобные модели встречаются у фамилий Манцев, Маньков, Мануйлов.

Второй, менее вероятный, но возможный вариант — прозвище Манц, связанное с диалектными словами. В некоторых говорах «манить» означало «звать», «привлекать», «обманывать». Манцом могли назвать человека с задатками зазывалы, обольстителя или, наоборот, того, кто постоянно «манил» обещаниями, но не выполнял их. Однако версия с именем Мануил выглядит более надёжной, так как суффикс -ц- в русских прозвищах встречается реже, чем в уменьшительных формах имён.

Суффикс -к- в основе (Манц-к-) — типичный для русских фамилий показатель принадлежности. Сначала появилось прозвище или обиходное имя Манцко (Манцка), затем образовалось отчество Манцков — «сын Манцка». Женская форма Манцкова закрепилась за женой или дочерью носителя фамилии. Фамилия не относится к числу широко распространённых, встречается в основном в центральных и южных областях России, что косвенно подтверждает её происхождение от крестильного имени, а не от узкорегионального диалекта.