Фамилия Мануенков — один из тех случаев, когда исходное имя или прозвище не лежит на поверхности. Разберём её по частям. Основа «Мануен-» явно восходит к каноническому мужскому имени Мануил (от древнееврейского Иммануил — «с нами Бог»). В русском быту имя приобрело множество упрощённых форм: Мануйло, Мануха, Мануша, Мануня. От них и пошли фамилии Мануйлов, Манухин, Манушин. А вот Мануенков — форма с суффиксом -енк-, который в русской ономастике имеет два основных значения. Первое и самое вероятное: это украинский или южнорусский патроним, указывающий на «малого», то есть сына или потомка человека по прозвищу Мануенко. В украинской традиции суффикс -енко означает «чей-то сын» (ср. Шевченко — сын Шевца). Когда носитель такой фамилии переселялся в великорусские губернии, окончание могли русифицировать, добавив -ов, чтобы фамилия склонялась по образцу местных. Получилось Мануенков — «сын Мануенка», то есть внук или правнук того самого Мануила.

Второй, менее распространённый вариант: суффикс -енков мог возникнуть непосредственно в северных или центральных областях России как вариант фамилии на -енок (ср. Котёнков, Рыжонков). В таком случае Мануенков — это прямой потомок человека, которого звали уменьшительно-ласкательно Мануенок, то опять же от Мануила. Оба пути ведут к одному корню: предок носителя фамилии, скорее всего, носил имя Мануил или его обиходную форму.

Географически фамилия редкая, с заметным смещением в южные и центральные регионы России (Курская, Воронежская, Белгородская области). Там украинский суффикс -енко был привычен, а его русификация — естественный процесс. В дореволюционных переписях Мануенковы встречаются в основном среди крестьян и однодворцев, то есть людей, которые не принадлежали к дворянству и не имели наследственного герба. Фамилия не получила широкого распространения и не обросла громкими историческими личностями — это рядовая, но оттого не менее показательная фамилия, за которой стоит конкретный человек, вероятно живший в XVII–XVIII веках. Сравните её с однокоренной Мануйлов: та встречается в десятки раз чаще, потому что образована по простой модели «имя + -ов». Мануенков же — пример более сложной, «цепочной» антропонимии, когда фамилия фиксирует не просто отца, а целое поколение промежуточных прозвищ.