Фамилия Мануйкина — женская форма от Мануйкин, а та, в свою очередь, образована от имени Мануйка. Это уменьшительная, домашняя форма крестильного имени Мануил (или Еммануил), которое пришло на Русь вместе с христианством из греческого языка. В переводе с древнееврейского «Иммануил» означает «с нами Бог». Имя было популярно не только в народной среде, но и среди духовенства, поэтому фамилии на его основе — не редкость.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: суффикс -ин (в женском роде -а) указывает на принадлежность «чей?» — то есть «Мануйкина» буквально означает «дочь или жена Мануйки». Такие фамилии типичны для русского севера и центральных областей, где отчества и прозвища часто переходили в фамилии без дополнительных суффиксов.

Географически фамилия Мануйкина встречается в основном в Волго-Вятском регионе и на Урале, а также в Сибири, куда переселенцы принесли её в XVII–XVIII веках. Встречаются варианты написания с одной «н» — Мануйкина, но это скорее исключение, вызванное местными говорами или ошибками переписчиков.

Кем могли быть предки? Скорее всего, крестьяне или посадские люди, получившие фамилию по имени главы семьи. В документах XVII века попадаются записи о Мануйкиных — крестьянах из вотчин Строгановых, что подтверждает простонародное происхождение. Более ранние упоминания единичны, так как фамилии у низших сословий закрепились поздно.

Особенность фамилии — в её редком окончании. Суффикс -ин/-а типичен для русских фамилий, но основа на -уйка (Мануйка) встречается нечасто. Сравните с более распространёнными Мануйловыми или Мануйленко — здесь же звучит народная, почти ласковая форма, что говорит о неформальном, семейном происхождении прозвища.