Фамилия Манжорина — редкий случай, когда угадывается несколько версий происхождения, и ни одна из них не лежит на поверхности. Главная загадка — в основе «Манжор-». Скорее всего, она восходит к финно-угорскому названию географического объекта Манжора, ныне не существующего. Такие топонимы были распространены на севере европейской части России и в Приуралье. Если эта версия верна, фамилия указывает на выходца из местности, которую называли Манжорой, — типичная модель для русских фамилий на -ин (-а), образованных от названий рек, озёр или урочищ.

Менее вероятно, что фамилия Манжорина ведёт начало от названия швейцарского озера Лаго-Маджоре. Слишком далёкая и экзотичная привязка для крестьянской или мещанской фамилии из центральной России. Скорее всего, это позднее народное переосмысление или случайное созвучие.

Есть и другая, бытовая версия: в основе фамилии лежит прозвище Манжора, которое восходит к румынскому слову «мангурэ» — «крошка». В этом случае прозвище Манжора мог получить человек невысокого роста, щуплого телосложения. Румынское влияние в южнорусских и малороссийских говорах не редкость, так что эта гипотеза имеет право на существование, хотя и уступает топонимической по распространённости.

Суффикс -ин в фамилии Манжорина указывает на принадлежность: «чей?» — «Манжорин», то есть сын или потомок Манжоры. Такая словообразовательная модель типична для северных и центральных областей России. В результате потомок человека, обладающего прозвищем или прозванием Манжора, со временем получил фамилию Манжорин, а её женская форма — Манжорина — закрепилась в документах.

Спор между версиями разрешается просто: топонимическое происхождение (от исчезнувшего финно-угорского названия) правдоподобнее, так как объясняет саму необычную основу, не прибегая к заимствованиям из далёких языков. Финно-угорский субстрат оставил множество названий на русском Севере, и фамилия Манжорина — один из немногих следов, дошедших до нас в фамильном прозвании.