Фамилия Маракаткина — женская форма фамилии Маракаткин. Она довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять корень, нужно отбросить типичный фамильный суффикс -ин (указывающий на принадлежность: «чей?» — сын Маракатки) и посмотреть на основу «Маракатк-».

Самая вероятная версия отсылает к прозвищу Маракатка. В русских говорах, особенно в южных и центральных областях, глагол «маракать» означал «делать кое-как, небрежно, пачкать» или «говорить невнятно, бормотать». Слово «марака» (или «маракатка») могло закрепиться за неаккуратным, грязнулей, либо за человеком с невнятной речью. Суффикс -к- в прозвище часто придаёт оттенок пренебрежения или указывает на конкретный предмет/лицо, совершающее действие (ср. «терять» — «терялка»). Таким образом, Маракатка — это тот, кто «маракает»: либо пачкает работу, либо бормочет.

Менее распространённая, но тоже возможная версия — связь с глаголом «мараковать» (понимать, соображать, уметь). В этом случае прозвище могло быть ироничным: «Маракатка» — человек, который всё делает «с маракуем», то есть с толком, но в просторечии слово часто имело оттенок «смекать на скорую руку». Однако первая версия (от «маракать» в значении «пачкать») выглядит правдоподобнее, так как суффикс -к- в таких прозвищах чаще образует названия лиц по отрицательному действию.

С точки зрения географии, фамилия Маракаткин (и её женская форма) встречается преимущественно в центральной России и Поволжье, с некоторым тяготением к бывшим территориям Рязанской и Тамбовской губерний. Это косвенно подтверждает диалектную основу: именно в рязанских и тамбовских говорах слово «маракать» (пачкать, грязнить) было употребительно.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто образовывались от полных крестильных имён, фамилии на -ин от прозвищ с суффиксом -к- (Маракатка, Балалайка, Замарайка) указывают на то, что предок был прозван по яркой бытовой черте характера или внешности, а не по профессии. Это фамилия из разряда «характерологических» прозвищ, которые в крестьянской среде давали метко и без злого умысла — просто чтобы выделить человека среди односельчан.