Фамилия Мардушкова — женская форма фамилии Мардушков, и её происхождение стоит искать в мужском прозвище или имени Мардуш. Сама основа «Мардуш» — это, скорее всего, уменьшительно-ласкательный вариант одного из крестильных имён: Мардарий или Марк.

Версия с именем Мардарий выглядит наиболее вероятной. Мардарий — имя греческого происхождения, редкое, но встречавшееся в святцах. В народной речи длинные имена часто сокращали: Мардарий легко превращался в Мардушу — через типичный для русской антропонимии суффикс -уш-. Этот суффикс придавал имени ласковый, бытовой оттенок (сравните: Иван — Иванушка, Марк — Маркуша). Так что Мардуша — это не самостоятельное имя, а домашняя, обиходная форма.

Менее распространённая версия отсылает к имени Марк. Марк тоже даёт уменьшительные формы на -уша: Маркуша, а затем, с озвончением глухого «к» перед звонким «у» в потоке речи, могло появиться и «Мардуша» (переход «к» в «г» нехарактерен для русского языка, но возможен как диалектная черта или простая оговорка, закрепившаяся в прозвище).

Фамилия образована по стандартной русской модели: прозвище Мардуш + патронимический суффикс -ов (чей сын? — Мардушков). Суффикс -к- в женской форме (-кова) указывает на принадлежность женщине: «дочь или жена Мардушкова».

Географически фамилия Мардушков (и Мардушкова) редкая, её очаги, по данным современных телефонных справочников и баз, тяготеют к южным областям России — Волгоградской, Ростовской, а также к Ставропольскому краю. Это косвенно подтверждает версию с редким именем Мардарий: такие имена лучше сохранялись в среде старообрядцев или в отдалённых сельских районах, где дольше держались дореформенные традиции имянаречения.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Мардашов, Мардасов, Марков, — то Мардушков стоит особняком. В отличие от Маркова, образованного напрямую от полного имени Марк, и Мардашова, где суффикс -аш-, Мардушков использует именно ласкательную форму. Это говорит о том, что предок носителя фамилии был, вероятно, не просто «сыном Мардария», а именно «сыном Мардуши», то есть человека, которого в семье или в деревне звали по-домашнему, ласково.