Фамилия Маргатский — одна из тех, что сразу выдают в предках человека, жившего в определённом месте. Её основа — не имя и не прозвище, а географическое название, что ставит её в один ряд с фамилиями вроде Вяземский или Тверской, только с куда более редким корнем.

Разбираем словообразовательную модель. Суффикс -ск- в русских фамилиях почти всегда указывает на связь с местностью: «тот, кто родом оттуда-то». Маргатский — это человек, происходящий из Маргата. Вопрос: что это за Маргат? Здесь возможны два варианта, и первый — самый прямой.

Маргат — это историческое название города в Сирии, известного с эпохи Крестовых походов как крепость Маргат (современный Аль-Маркаб). Но мог ли русский крестьянин или мещанин получить фамилию от сирийского замка? Крайне маловероятно. Такие фамилии в России обычно давали выходцам из духовенства, которые учились в семинариях и получали «искусственные» фамилии по названиям церковных праздников или святых мест, но Маргат — не паломническая цель и не библейский топоним.

Куда правдоподобнее вторая версия: фамилия образована от названия населённого пункта с корнем «Маргат» на территории Российской империи. Например, в Полтавской губернии существовал хутор Маргатовка. Или же в основе лежит местное прозвище «Маргат» — так могли называть человека, имевшего отношение к чему-то, что в местном говоре обозначалось этим словом. В южнорусских и украинских говорах «маргат» или «маргатка» могло быть диалектным названием для чего-то пёстрого, рябого (сравните с «маргать» — мелькать, пестреть). В этом случае фамилия изначально была прозвищной: Маргат → Маргатский (сын Маргата), а суффикс -ский добавился позже, уже при оформлении фамилии по польской или западнорусской моде.

Фамилия редкая. Носители Маргатских встречаются в основном в центральной России и в Поволжье, что косвенно подтверждает версию о происхождении от небольшого селения или хутора, а не от иностранного топонима. В дореволюционных метрических книгах Маргатские фигурируют как мещане и крестьяне, а не дворяне, что тоже говорит в пользу «земледельческого» корня.