Фамилия Маргонская — женская форма, а её основа — мужская фамилия Маргонский. Такая модель (на -ский/-ская) указывает на дворянское, шляхетское или, реже, церковное происхождение: в XVII–XIX веках фамилии на -ский чаще всего получали выходцы из польской шляхты, православные священники при окончании семинарии или переселенцы, бравшие фамилию по названию места.

Корень «Маргон» — самый интересный и спорный. Первая и самая вероятная версия: это топоним. В Польше и на западе Беларуси есть несколько деревень с названием Маргоны (Margony) — например, в Подляском воеводстве или в Гродненской области. Фамилию Маргонский мог получить человек, который владел землёй в таком селе или просто оттуда родом. В этом случае фамилия означает «тот, кто из Маргон».

Вторая версия, менее популярная, но не исключённая: основа восходит к литовскому или древнепрусскому слову margas — «пёстрый, разноцветный». В польском языке есть слово margon — так могли называть человека с пёстрыми глазами или одетого в пёструю одежду. Если так, то прозвище Маргон дали по внешней примете, а уже от него образовали фамилию с дворянским суффиксом.

Третий вариант, который встречается в любительских словарях, — связь с еврейским именем Марголис (Марголин), но это ошибка: Марголис имеет корень «маргалит» (жемчуг), а Маргон — совсем другая основа. Фамилия Маргонская не имеет к ней отношения.

Суффикс -ск- однозначно говорит, что фамилия не крестьянская и не мещанская (там были бы -ов, -ин). В Российской империи носители фамилии Маргонский (и Маргонская) встречались в основном в западных губерниях — Волынской, Минской, Гродненской, а также среди польской шляхты, перешедшей на русскую службу. Встречаемость фамилии сегодня невысокая, она остаётся редкой и локальной.

Если ваши предки носили эту фамилию, скорее всего, они происходят из западнорусских земель или Польши, а их родоначальник либо владел имением Маргоны, либо получил прозвище за пёструю внешность. Точнее можно сказать только после генеалогического поиска по конкретной семье.