Фамилия Магонская образована от названия населённого пункта — скорее всего, от деревни или села с корнем «Магон». В основе лежит суффикс -ск-, типичный для польских, украинских и белорусских фамилий, а также для русских дворянских и семинарских. Магонская — женская форма; мужская, соответственно, Магонский.

География фамилии указывает на западные регионы бывшей Российской империи. Наиболее вероятная точка — местечко Магоны (Mogony) в бывшей Гродненской губернии, ныне территория Беларуси. Топоним мог произойти от личного имени Магон (уменьшительное от Матвей, Макар или Магнус) либо от балтского или финно-угорского слова, означавшего «мокрый», «болотистый». В польских источниках встречается фамилия Magonski, что подтверждает шляхетское происхождение части носителей: в Речи Посполитой землевладельцы часто брали фамилию по названию своего имения.

Вторая, менее распространённая версия связывает фамилию с греческим словом «магос» (мудрец, волхв). Такую гипотезу выдвигают для семинарских фамилий: ученикам духовных училищ иногда давали фамилии от церковнославянских или античных корней. Однако для Магонской эта версия слабая — в семинарской среде чаще встречаются фамилии вроде Магницкий или Магистров, а не топонимические на -ский.

По сословному составу Магонские — это, как правило, потомки мелкопоместной шляхты, однодворцев или духовенства. В XIX веке фамилия фиксируется в метриках Виленской и Ковенской губерний, а также среди переселенцев в Сибирь. Встречаются варианты написания: Магонская, Могонская, Магунская — из-за нестабильности безударной «о» в живой речи.

Современные носители фамилии живут в России, Беларуси, Украине и Польше. Фамилия редкая, её не найти в массовых списках, но именно это делает её ценной для генеалогического поиска: каждое документальное упоминание — ниточка к конкретному родовому гнезду.