Фамилия Магон — один из тех случаев, когда внешне простая и короткая фамилия скрывает неожиданную географию и редкую словообразовательную модель. Вопреки первому впечатлению, её корни, скорее всего, не русские, а балтийские, и связаны они с латышским языком.

В основе фамилии лежит латышское слово magone — «мак». Это растение в балтийской и шире — в европейской народной традиции — имело двойственное значение. С одной стороны, мак ассоциировался со сном и забвением (снотворный вид), с другой — с плодородием и защитой от злых сил. Поэтому прозвище или нецерковное имя Магон (а точнее, его балтийский прототип Magone или Saulīte) могли дать по разным причинам: из-за рыжего цвета волос (цвет маковых лепестков) либо как «растительное» имя-оберег. Давая ребёнку имя со значением «мак», родители верили, что природа примет его как своего и передаст растению его полезные качества — выносливость, способность давать много потомства (множество семян в коробочке) или целебную силу.

Фамилия Магон образована без типичного русского суффикса принадлежности (-ов, -ин). Это указывает на то, что она могла прийти в русскую среду в уже готовом виде — как прозвище или фамилия из латышского языка, где слово Magone могло быть и личным именем, и прозвищем. В русском языке она просто потеряла окончание -е, подстроившись под привычное звучание мужских фамилий. Такая модель встречается реже, чем патронимические фамилии на -ов, и сразу выделяет носителя среди окружения.

Если же рассматривать версию о славянском происхождении, то здесь корень «маг-» мог бы указывать на знахаря, колдуна или волхва (от слова «маг»). Однако эта версия менее убедительна: суффикс -он в русской антропонимии не характерен для образования фамилий от подобных основ. Скорее всего, мы имеем дело с балтизмом — словом, заимствованным в русскую речь вместе с носителем. Таким образом, предки человека с фамилией Магон могли быть выходцами из исторической Ливонии или Курляндии, а их прозвище или имя было связано с маком — либо по внешности, либо по обрядовой традиции, либо по роду занятий (сбор или выращивание этого растения для лекарственных целей).