Фамилия Магонов — один из тех случаев, где на первый взгляд прозрачная основа оказывается не такой однозначной. Самое простое и распространенное объяснение ведет к крестильному имени Магон — народной форме канонического имени Магн. В святцах оно встречается редко (в переводе с латыни «великий»), но в быту могло сократиться и адаптироваться, дав начало фамилиям Магонов, Магоновский. Однако есть и другая, более живая версия, связанная с прозвищем.

В южнорусских и украинских говорах «магон» — это не имя, а диалектное название мака. Слово фиксируется в курских и воронежских говорах: «магон» или «магонь» означало маковую головку или само растение. Прозвище Магон могли дать либо сеятелю мака, либо человеку, который торговал маком и маковыми изделиями (например, бубликами с маком). Учитывая, что мак был традиционной сельскохозяйственной культурой и одновременно символом плодородия, прозвище могло закрепиться за крестьянином, специализировавшимся на этой культуре.

Суффикс -ов в фамилии Магонов указывает на стандартную русскую модель образования от имен или прозвищ на твердый согласный: Магон → Магонов — «сын Магона» или «принадлежащий Магону». Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине, где слово «магон» действительно бытовало. В центральных и северных областях она встречается реже, что косвенно подтверждает прозвищное, а не календарное происхождение.

Спор между версиями «от имени Магн» и «от прозвища Магон» решается в пользу второй — хотя бы потому, что имя Магн в русской традиции было крайне редким, а диалектное «магон» — живым и употребительным словом. Впрочем, нельзя полностью исключать, что в разных семьях фамилия возникла независимо и по разным причинам: где-то от церковного имени, где-то от уличного прозвища маковода. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская. Один из ранних письменных следов — упоминание крестьянина Магона в переписных книгах XVII века по южным уездам, но точных дат и имён без специального архивного поиска не назвать.