Фамилия Магонова — женская форма фамилии Магонов, и её происхождение связано с прозвищем или именем, лежащим в основе. Чаще всего её возводят к тюркскому слову «магун» или «магон», что означает «слабый», «немощный», «хилый». Такое прозвище могли дать человеку тщедушного телосложения или болезненному в детстве. В русских говорах встречалось слово «магоня» — так называли вялого, медлительного человека. Обе версии сходятся: основа фамилии — характеристика внешности или характера.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов присоединяется к основе Магон, указывая на принадлежность («чей?» — сын Магона). Ударение в фамилии чаще падает на второй слог: Маго́нова, хотя в некоторых говорах возможно Ма́гонова.

Географически фамилия редкая. Основные очаги — Поволжье и южные регионы России, где исторически было сильное тюркское влияние. Встречается и у казаков, что неудивительно: в казачьей среде бытовало множество прозвищ из тюркских языков.

Примечательно, что фамилия Магонов (и Магонова) не имеет отношения к библейскому имени Магог — это народная этимология, не подтверждённая документально. Скорее всего, перед нами случай, когда внешне необычная фамилия на поверку оказывается простым прозвищем, закрепившимся за родом.