Фамилия Магонина — женская форма, в мужском варианте — Магонин. Она образована по самой распространённой в русском языке модели: от основы на согласную с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Магонин буквально означал «сын Магоны» или «человек из рода Магоны». Разобравшись с формой, переходим к главному вопросу: что скрывается за личным именем или прозвищем Магона?

Здесь есть две основные версии, и обе опираются на реальные пласты русской лексики. Первая — самая прямая: в северных и сибирских говорах словом «магонить» называли обманывать, хитрить, плутовать. Соответственно, Магона — плут, хитрец, человек, способный обвести вокруг пальца. Такие прозвища давались не обязательно с осуждением: в крестьянской среде умельца «схитрить» при торговле или обмене могли уважительно называть по его главному качеству.

Вторая версия ведёт к имени Маг, которое является краткой формой от редких крестильных имён Магн (от латинского «великий») или Амвросий (греческое «бессмертный», «божественный»). В быту имя Маг могло получить уменьшительно-ласкательный суффикс -оня, дав форму Магоня. Такая модель словообразования (корень + -оня) типична для русских прозвищ и имён: вспомните Степан — Степоня, Гаврила — Гаврюня. В этом случае фамилия Магонин — чисто патронимическая, то есть образованная от церковного имени предка.

Какая версия правдоподобнее? Скорее всего, обе имели место в разных семьях. Фамилия не слишком распространена, её очаги — традиционные русские регионы, особенно Поволжье и северные области. Если ваши предки были из мест, где активно бытовали диалектные слова, — версия с «плутом» вероятнее. Если же родословная уходит в среду, где крепко держались церковных традиций, — стоит присмотреться к имени Маг. Интересная деталь: в некоторых говорах «магоня» называли также медлительного, копушного человека — этот оттенок тоже мог дать прозвище. Так что Магонины в разных ветках одного рода могли получить фамилию от совершенно разных качеств или имён, и это нормально для русской ономастики.