Фамилия Маконина — женская форма, а её мужской вариант — Маконин. В русской традиции фамилии на -ин обычно образованы от основ, оканчивающихся на -а или -я. Здесь основа — Макона. Что это могло быть?

Самый прямой путь — от прозвища или нецерковного имени Макона. В русских говорах слово «макона» имело несколько значений. В архангельских и вологодских диалектах «макона» — это мокрый снег, слякоть, а также низкое сырое место, мочажина. Человек мог получить такое прозвище за привычку ходить по грязи, за работу в болотистой местности или по месту жительства — у сырого оврага. В рязанских говорах «маконя» — это увалень, разиня, нерасторопный человек. В этом случае фамилия указывала бы на характер.

Вторая версия — связь с именем Макар. В народной речи имя Макар могло сокращаться до Макона (как Матвей — Матюня, Павел — Павлуня). Суффикс -оня (-она) типичен для ласкательных и обиходных форм: Макарий — Маканя — Макона. Тогда фамилия Маконин — это буквально «сын Маконы», то есть потомок человека, которого в быту звали уменьшительно от Макара. Имя Макар в древности было распространено, и фамилии от его производных встречаются часто: Макаров, Макаркин, Макашин. Маконин — более редкий вариант.

Третья, менее вероятная версия — от названия реки Макона. Такая река есть в бассейне Оки. Житель по её берегам мог получить фамилию по месту жительства. Но для русского ойконимического суффикса -ин это нехарактерно: обычно речные названия дают фамилии на -ский (Маковский).

Географически фамилия Маконина встречается редко. Основные очаги — Вологодская и Архангельская области, а также Поволжье. Это подтверждает связь с диалектным словом «макона» (слякоть, болотина), ведь северные регионы как раз богаты сырыми низинами. В центральных и южных областях фамилия почти не встречается.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Маконин. Такие фамилии в основном носили крестьяне и посадские люди, а не дворяне. Владельческие фамилии на -ин чаще формировались у непривилегированных сословий, где отчество или прозвище отца закреплялось за детьми без изменений.

Итог: скорее всего, предок носителя фамилии Маконин жил в сырой болотистой местности на Русском Севере и получил прозвище Макона — по слову, обозначающему мокрый снег или мочажину. Либо его звали уменьшительно от имени Макар. Оба варианта правдоподобны, но первый — с диалектной основой — даёт более конкретную и редкую историю.