Фамилия Маконин — одна из тех русских фамилий, чья форма обманчиво проста, а происхождение ведёт сразу в две разные стороны. По модели образования это типичный «-ин»: суффикс принадлежности, указывающий на сына или потомка человека, названного основой. Вопрос в том, что легло в основу — имя или прозвище.

Первый и самый прямой путь — от крестильного имени Макарий. В просторечии это имя сокращали до Мака, Мако, Маканя. Уменьшительная форма Макона дала бы фамилию Маконин — «сын Макони». Такой вариант естественен для русской ономастики: полное имя Макарий в быту давало десятки производных (Макаров, Макашин, Макашев), и Маконин стоит в том же ряду. Правда, форма Макона встречается реже, чем Маканя или Макаша, что делает эту версию вероятной, но не единственной.

Вторая линия — прозвищная. В южных и западных говорах «макона» могло означать «макушка», «верхушка», а в переносном смысле — человека небольшого роста или, наоборот, того, кто «держит верх». В рязанских и тамбовских говорах «маконя» — это мямля, нерасторопный человек. Такое прозвище легко цеплялось к медлительному ребёнку или взрослому, а потом закреплялось за его детьми. Слово «маконя» есть и в значении «небольшая копна сена» — прозвище мог получить крестьянин, занятый сенным промыслом, или человек с округлой фигурой.

Географически фамилия редкая, но не точечная: встречается в Поволжье (особенно в Самарской и Саратовской областях) и на Среднем Урале. В XIX веке Маконины фиксировались в основном среди государственных крестьян и мещан. Дворянских родов с такой фамилией нет — это указывает на её позднее оформление и простонародное происхождение.

Если сравнивать с однокоренными — Макаров, Макашин — Маконин стоит особняком. У него нет суффикса -ов, который чаще встречается у фамилий от полных форм имени, и нет типичного для прозвищ окончания -их (Маканиных). Это говорит о том, что фамилия образовалась на позднем этапе, когда суффикс -ин уже вытеснял -ов в некоторых регионах, или от личного имени, которое не успело дать массу производных.