Малонин — одна из тех русских фамилий, где разбор упирается не в корень, а в суффикс. Если отбросить окончание, остаётся основа «Малонин-», а в ней отчётливо виден суффикс «-ин», указывающий на принадлежность: «чей?» — Малонин, то есть сын или потомок Малони.

Вопрос в том, кто такой Малона. Самая прямая версия ведёт к древнерусскому нецерковному имени Малона. Имена с основой «мал-» (Мал, Малец, Малюта, Малыш) были распространены на Руси: их давали по внешнему признаку (маленький, младший в семье) или как охранительное имя — чтобы злые силы не позарились на ребёнка. Форма Малона могла возникнуть как уменьшительное от Мал с помощью суффикса «-он-а» (по типу «Семён — Семона», «Иван — Ивана»). Тогда Малонин — буквально «потомок маленького».

Есть и другая, менее очевидная версия. В некоторых говорах «малона» — диалектное слово, означавшее «немного», «чуть-чуть». Прозвище Малона могли дать человеку неторопливому, скупому на слова или движения, либо тому, кто вечно жаловался на недостаток чего-либо. Но эта гипотеза спорная: письменных подтверждений такого прозвища в исторических источниках почти нет.

Фамилия Малонин — относительно редкая. Встречается преимущественно в центральных и северных областях России — в Костромской, Вологодской, Нижегородской губерниях. Это косвенно подтверждает версию с древнерусским именем: именно в этих краях долго держались традиции нецерковных имён. Географическая привязка здесь важнее, чем списки известных носителей — их действительно мало, и фамилия не получила широкой известности через литературу или историю.

Если сравнивать с однокоренными — Малов, Малых, Малютин, Малеев, — то Малонин выделяется суффиксальной моделью. В то время как Малов образован от прилагательного «малый» (чей? — Малова), а Малых — от формы множественного числа (из семьи Малых), Малонин стоит особняком: он явно происходит от личного имени, а не от прозвища или прилагательного. Это делает фамилию более архаичной по типу образования — такие формы чаще встречаются в XV–XVI веках.

Так что предок носителя фамилии Малонин, скорее всего, был крестьянином или посадским человеком из северных или центральных уездов, которого в документах записали по имени отца — Малона. А само имя ему дали, вероятно, за невысокий рост или как охранительное от сглаза.