Фамилию Малоненко стоит разбирать, отталкиваясь от её суффикса. Формант -енко — это классический украинский патронимический суффикс, обозначающий «сын» или «потомок». В восточнославянской ономастике фамилии на -енко (а также на -ук, -юк) массово закрепились в Поднепровье, Слобожанщине и на юге России, куда шли миграционные потоки из Малороссии. Таким образом, Малоненко — украинская по происхождению фамилия, отвечающая на вопрос «чей?»: сын Малоны.

Самая сложная часть — основа «Малон-». В украинской антропонимике нет распространённого имени Малона. Скорее всего, перед нами либо фонетически изменённое имя, либо прозвище. Наиболее вероятная версия: основа восходит к имени Меланья или Маланья (каноническая Мелания). В украинских говорах это имя часто звучало как «Маланка», «Малона». От женского имени фамилии образовывали реже, чем от мужских, но такая модель существовала: если мать (вдова) или бабушка играла главную роль в семье, детей могли записать по ней. «Сын Малоны» — Малоненко. Подтверждение этой версии — фамилия Маланенко, которая встречается чаще и образована от того же корня без редукции гласного.

Есть и вторая, менее вероятная гипотеза: связь с прилагательным «малый» (маленький) через суффикс -он-. В таком случае Малоня — это ласкательное прозвище младшего ребёнка или невысокого человека. Однако для украинской модели образования фамилий на -енко характерно использование полных форм имён и прозвищ, а не кратких ласкательных с суффиксом -он- (который больше свойственен русским фамилиям на -ин: Малоня — Малонин). Поэтому версия с женским именем Маланья выглядит убедительнее.

Географически фамилия Малоненко тяготеет к Полтавской, Сумской и Черниговской областям, а также к смежным районам России (Белгородчина, Курщина), куда в XIX веке переселялись украинские крестьяне. Социальный состав носителей — преимущественно крестьянское и казацкое сословие, поскольку патронимы на -енко были самой массовой формой среди свободного сельского населения. Дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано.

Таким образом, Малоненко — это «сын Малоны» (от имени Маланья/Мелания), фамилия украинского происхождения, сформировавшаяся в среде крестьянства Левобережной Украины.