Фамилия Малоненковы (в документах чаще встречается форма Малоненков) образована от прозвища Малон. Основа здесь — прилагательное «малый», то есть «маленький», а суффикс -он (как в именах Гаврила → Гаврилон, Михайла → Михайлон) превращал корень в личное прозвище. Так могли назвать невысокого, миниатюрного человека, и прозвище указывало на его внешность.

Ключевая деталь, которая выделяет эту фамилию среди множества «малых» однофамильцев, — суффикс -енков. Он характерен для украинской и белорусской традиции, где фамилии на -енко (Малоненко) означали «сын Малона» или «потомок Малона». Когда носители переселялись в великорусские земли, к фамилии добавили типичный русский суффикс -ов, получив двойную модель: Малон + енко + в. Встречаются и однокоренные фамилии вроде Малонин, Малонихин, но модель Малоненков — редкий гибрид, указывающий на миграцию предков с юго-запада на север или восток.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования фамилий у крестьян и мещан растянулся до XIX века. Однако сам факт, что фамилия сохранила двойной суффикс, позволяет предположить: предки Малоненковых жили на территории современной Украины или Белоруссии, а затем, уже в XVIII–XIX веках, обосновались в центральных или южных губерниях России, где фамилия и закрепилась в окончательном виде.