Фамилия Малоненков образована от прозвища Малон, которое, скорее всего, восходит к прилагательному «малый, маленький». Можно предположить, что прозвищем Малон нарекли невысокого, миниатюрного человека. Таким образом, оно могло указывать на внешние особенности предка Малоненковых.