Фамилия Малоните — один из тех редких случаев, когда написание и произношение вводят в заблуждение. На слух она кажется литовской или латышской, но на самом деле это русская фамилия, записанная по старой орфографии. Секрет в букве «ять»: до реформы 1918 года слово «мало» писали как «мало», а слово «малый» — как «малый» через «ять». В фамилии же, скорее всего, была задействована буква «i» (и десятеричное) или «Ѣ» (ять), что привело к искажению при переносе в современный алфавит. Исходная форма — Малонѣте или Малоните с ударением на «о».

Корень здесь — мал-, то есть основа прозвища или имени «Мало́ня» (уменьшительное от Мал, Малой). Суффикс -ите — нетипичный для русских фамилий, он встречается в западных губерниях Российской империи (Витебской, Могилёвской, Смоленской), где под влиянием белорусского и польского языков фамилии могли оформляться с окончанием -ич, -иц, а в редких случаях — -ите. Это не литовский патронимический суффикс, а скорее описка или местный диалектный вариант суффикса -ич (ср.: Кузьмич — Кузьмите). Вероятно, предок носителя фамилии был человеком маленького роста или младшим в семье, и его звали Мало́ня — «маленький», «младшенький».

По модели образования фамилия близка к белорусским фамилиям на -иц (Малиц, Малец) и польским на -ич (Малевич). Но окончание -ите делает её уникальной: это не «сын Малого», а скорее «из рода Малых» с застывшим окончанием, которое реформа правописания превратила в «Малоните». Встретить такую фамилию можно почти исключительно в западных областях России и восточной Беларуси.

Если ваш предок носил эту фамилию, он, скорее всего, был крестьянином или мещанином из Витебской или Могилёвской губернии. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В современной России фамилия крайне редка — не более нескольких десятков носителей, и все они, вероятно, потомки одной семьи, разъехавшейся по стране в XX веке.