Фамилия Матоните — не русская, а литовская. Её выдают характерные окончания и суффиксы, которые почти не встречаются в славянских фамилиях. Если вы встретили её в России, скорее всего, перед вами потомок литовцев, переселившихся в XIX–XX веках, либо человек, чья фамилия была записана на слух в советских документах и сохранила литовскую форму.

Разбираем основу. Матоните — женская форма литовской фамилии. В Литве фамилии различаются по полу: мужские оканчиваются на -ас, -ис, -ус (например, Матонис), а женские — на -ене (для замужних) или -ите (для незамужних). Окончание -ите прямо указывает: носительница фамилии — женщина, не состоящая в браке. Мужская форма, от которой всё пошло, — Матонис (Matonis).

Корень «Матон-» восходит к литовскому личному имени Motiejus (Матвей). Это калька с библейского имени, которое через греческое Maththaios пришло из древнееврейского «подарок Яхве». Суффикс -он- в литовских фамилиях часто образовывал патронимы: Матонис — буквально «сын Матея» или «потомок Матея». Таким образом, первым носителем фамилии был человек, которого называли по отцу или деду Матею.

Встречается фамилия и в форме Матоните — с ударением на второй слог. Это не ошибка, а вариант записи, который мог закрепиться в паспортах при переходе на кириллицу. В Литве фамилия распространена в основном в северных и центральных районах, особенно в исторической Жемайтии.

По сравнению с однокоренными русскими Матвеевыми или Матюниными, литовская Матоните — более поздняя по модели образования, но сохранившая архаичную половую маркировку, которую русский язык утратил: в русских фамилиях женские и мужские формы давно слились, а в литовских до сих пор живёт различие.