Фамилия Матони — довольно редкая и не сразу поддаётся однозначному толкованию. Чтобы понять её происхождение, нужно отбросить привычную модель на -ов/-ев или -ин, которая характерна для большинства русских фамилий. Суффикс -и в конце указывает на иную, более западную или финно-угорскую, традицию образования.

Самая вероятная версия — географическая. Фамилия Матони могла возникнуть в среде, где фамилии часто образовывались от названия местности или этнической принадлежности без дополнительных русских суффиксов. Основа «Матон» или «Матони» может быть связана с прибалтийско-финским словом «matto» — ковёр, половик. В таком случае прозвище Матон могли дать ткачу или торговцу коврами. Такая модель характерна для Карелии, Вологодчины или Архангельской области, где фамилии на -и (Матони, Коршуни, Лопари) не редкость.

Вторая версия выводит фамилию из уменьшительной формы крестильного имени. За основу можно взять редкое имя Матфей или его народный вариант Матюня. В белорусском и западнорусском говорах усечение «Мат» + суффикс -оня давало форму Матоня, а в родительном падеже или при закреплении через прозвище — Матони. Слабость этой гипотезы в том, что от имени Матфей чаще образовывались фамилии Матвеев, Матюнин, Матюшкин, а не Матони.

Третий, менее очевидный, вариант — итальянский след. Фамилия Matoni встречается в Италии, особенно в Тоскане, где она означает «сын Матто» (сокращение от Маттео). В Россию она могла попасть с итальянскими архитекторами или художниками, работавшими в XVIII–XIX веках, но массового распространения не получила.

География бытования фамилии Матони в России сегодня — это в основном Санкт-Петербург, Ленинградская область и Карелия. Это косвенно подтверждает первую, финно-угорскую, версию: именно в этих местах жили карелы и вепсы, чьи фамилии часто кончались на -и. Если ваши предки происходят оттуда, скорее всего, фамилия хранит память о ремесле — ткачестве или ковроткачестве, которым занимался первый носитель прозвища.