Фамилия Матонин образована от прозаища Матоня. В его основе лежит украинское слово «матоня», которое переводится на русский как «мать». Вероятно, родоначальником Матониных была женщина, которую дети ласково называли Матоня. У славян мать всегда ассоциировалась с Богоматерью — матерью Иисуса Христа, одной из наиболее почитаемых фигур в православии. Она считается покровительницей рожениц, что обусловливается мотивом материнства.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: к основе Матон- добавили типичный русский суффикс -ин, который указывает на принадлежность. Потомок человека по прозвищу Матоня получал имя «Матонин сын», которое со временем закрепилось как фамилия. Такая модель характерна для фамилий, образованных от личных имён и прозвищ, и встречается повсеместно.

Интересно, что прозвище Матоня могло быть не только ласковым обращением к матери. В некоторых говорах подобные формы использовались как уменьшительно-ласкательные от имён Матвей или Матрёна. Но версия с «матерью» выглядит убедительнее: она объясняет и сам корень, и эмоциональную окраску прозвища, которое вряд ли дали бы чужому человеку.

География фамилии показывает её сибирскую привязку. В Книгу памяти Красноярского края внесён Матонин Александр Дмитриевич, родившийся в 1880 году в селе Алтай Алтайского района Хакасии. В Книге памяти Калининской области упоминается машинист депо Матонин Алексей Дмитриевич (р. 1886) из города Томск. В Книге памяти Республики Хакасии записан Матонин Иван Егорович (р. 1895), проживавший в селе Алтай. Эти записи связывают фамилию с переселенческими потоками, которые шли в Сибирь в конце XIX века, и показывают, что Матонины были и крестьянами, и рабочими — например, машинистами.

Все три носителя — однофамильцы, но не обязательно родственники. Разброс по губерниям говорит о том, что фамилия не была узко локальной, хотя и оставалась сравнительно редкой. В документах советского времени она фиксируется именно в сибирских и дальневосточных списках, что косвенно подтверждает её «восточный» след.