Фамилия Матонин образована от прозвища Матоня, в основе которого лежит украинское слово «матоня». На русский язык оно переводится как «мать». Вполне вероятно, что родоначальником Матониных была женщина, которую дети ласково называли Матоня. У славян мать всегда ассоциировалась с Богоматерью – матерью Иисуса Христа, одной из наиболее почитаемых фигур, в особенности в католицизме и православии. Она считается покровительницей рожениц, что обусловливается мотивом материнства. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Матоня, со временем получил фамилию Матонин. Так, например, в Книгу памяти Красноярского края внесен Матонин Александр Дмитриевич, родившийся в 1880 г. в селе Алтай Алтайского района Хакасии. В Книге памяти Калининской области упоминается машинист депо Матонин Алексей Дмитриевич (р. 1886) из города Томск. В Книге памяти Республики Хакасии записан Матонин Иван Егорович (р. 1895), проживавший в селе Алтай.