Фамилия Матонис — редкий пример, когда фамилия явно не русская по происхождению, но при этом не сразу понятно, откуда именно. В русском контексте она воспринимается как «чужая», и это первая зацепка. Скорее всего, перед нами литовская или жемайтская фамилия, адаптированная к русской письменности.

Разбираем словообразовательную модель. Фамилия оканчивается на -ис, что характерно для литовских фамилий мужского рода (ср. Баранаускас, Садаускас). В русской передаче окончание -as часто переходит в -ис или -ус. Основа «Матон-» может восходить к литовскому личному имени или прозвищу. Наиболее вероятная версия: от литовского слова «matonas» — «видный, заметный», или от глагола «matyti» — «видеть». То есть прозвище могли дать зоркому, наблюдательному человеку, либо тому, кто был на виду.

Есть и вторая, менее вероятная, версия — греческая. Фамилия Матонис может быть русифицированным вариантом греческой фамилии Матони (Ματώνη) или производной от греческого имени Матфей (в просторечии — Матос). Но греческий след в русских фамилиях встречается редко, и обычно он связан с духовенством или переселенцами из Приазовья. Для фамилии Матонис литовское объяснение выглядит убедительнее, потому что на территории бывшей Литвы (сейчас — запад Беларуси, часть Смоленщины) такие окончания встречаются массово.

Географически фамилия Матонис сегодня встречается в России, Беларуси и Литве, но нигде не образует крупных гнёзд. Это говорит о том, что фамилия не крестьянская массовая, а скорее шляхетская или мещанская — в Великом княжестве Литовском многие литовские и белорусские роды носили фамилии на -ис. В XIX веке при русификации часть таких фамилий переделали на -ов или -ин, но Матонис сохранил исходную форму.

Интересная деталь: у фамилии нет «пары» женского рода в русской традиции. Если в литовском языке женщина будет Матониене (по мужу) или Матоните (по отцу), то в русском паспорте женщина так и остаётся Матонис. Это подчёркивает, что фамилия не ассимилировалась до конца и сохраняет иноязычную грамматику.

Таким образом, носитель фамилии Матонис с большой вероятностью имеет предков из числа литовских или западно-белорусских крестьян или мелкой шляхты, а сама фамилия означает «зоркий», «видный» или — в переносном смысле — «заметный человек».