Фамилия Мачонис — редкий случай для русского слуха. Она не вписывается в привычные модели на -ов, -ин или -ский, и её происхождение почти наверняка не русское, а балтийское или польско-литовское. Основа — личное имя или прозвище Мачон (Maczon), которое могло быть уменьшительной формой от Матвей (лит. Motiejus) или от польского Maciej. Суффикс -ис — типичный литуанизированный патронимический показатель, который в польской традиции мог выглядеть как -icz. То есть Мачонис — это «сын Мачона» или «потомок Мачона».

География фамилии указывает на Литву и историческую Жемайтию, а также на пограничные с Беларусью и Польшей районы. В XIX веке, после отмены крепостного права, многие литовские крестьяне получили фамилии именно по такой схеме — от имени отца с добавлением -онис, -улис, -айтис. Мачонис — типичный пример «народной» фамилии, которая не несёт сословного оттенка: её могли носить и крестьяне, и мелкая шляхта, если род был старым, но негербованным.

В русском контексте фамилия могла появиться двумя путями: либо через миграцию литовцев в центральные губернии в конце XIX — начале XX века, либо через полонизированную шляхту, которая после разделов Речи Посполитой оказалась в составе Российской империи. В любом случае, носители Мачонис — это люди, чьи предки жили в зоне балто-славянского пограничья, где имена и фамилии переплетались, а суффиксы менялись в зависимости от языка делопроизводства.

Интересная деталь: в литовском языке ударение в фамилии может падать на первый или второй слог (Mãčonis или Mačónis), и это меняет значение. Первый вариант чаще связывают с уменьшительным именем, второй — с прозвищем от глагола mačioti («мелькать», «маячить»), что могло характеризовать суетливого или подвижного человека. Но для русского уха оба варианта звучат одинаково, и в паспортах обычно закрепляется написание без указания долготы гласных.

Споров вокруг этимологии почти нет: версия о литовском происхождении наиболее правдоподобна, а попытки вывести фамилию из греческого или итальянского (от слова «мачта» или «мачо») — не более чем народная этимология, не подтверждённая документами.