Фамилия Малоева образована от прозвища или имени, основа которого — прилагательное «малый». В русской ономастике это одна из самых распространённых основ, но фамилия Малоева не так частотна, как, скажем, Малыхин или Малов. Разгадка — в суффиксе.

Суффикс -ев (а не -ов) указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий согласный или на -й. В фамилии Малоев корень «Мал-» перед суффиксом смягчается: не Малов, а Малоев. Это могло произойти, если прозвище звучало как «Ма́лый» (с ударением на первый слог), но в разговорной речи или в документах его записали через «е» — «Малое». Есть и другая версия: основа — не краткое прилагательное, а полное «Мало́й» (с ударением на второй слог). В северных и сибирских говорах «мало́й» означало не только «небольшой», но и «младший», «подросток», «парень». Человека могли так прозвать за молодость, невысокий рост или за то, что он был младшим сыном в семье.

Вероятнее всего, фамилия Малоева — отчество второго порядка: «чей?» — Малоев, то есть сын Малоя. Само имя Малой (или Малое) было нередким нецерковным именем на Руси. Его давали как охранительное, чтобы ребёнок не вырос слишком большим, или по порядку рождения — младшему. В писцовых книгах XV–XVII веков встречаются крестьяне и посадские люди с прозвищем Малой, от которых и пошли Малоевы.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России. Встречается в Вологодской, Костромской, Архангельской губерниях, а также в Поволжье. В южных и западных регионах чаще фиксируется форма Малов.

Родственная фамилия — Малов — имеет ту же основу, но другой суффикс. Разница в том, что Маловы — потомки человека по прозвищу Мал, а Малоевы — от формы Малой. Обе фамилии однозначно указывают на то, что предок носителя был либо невысок ростом, либо младшим по возрасту или положению.