Фамилия Марконин — редкий случай, когда мы почти наверняка знаем не только корень, но и конкретного человека, от которого она пошла. В основе лежит каноническое имя Марк (от латинского Marcus — «молоток» или посвящённое богу Марсу). Но ключ к пониманию — не имя, а суффикс.

В русских фамилиях суффикс -ин обычно указывает на принадлежность: «чей сын?» — Марконин. Однако здесь мы видим не просто Марков или Маркин (от Марк), а Марконин. Это значит, что в основе лежала не краткая, а полная, разговорная форма имени — Марко́ня. Так могли в быту называть человека по имени Марк, добавляя ласкательный или просторечный суффикс -оня (сравните: Степан — Степаня, Иван — Иванюня). Фамилия Марконин буквально означает «сын Маркони» или «принадлежащий Марконе».

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским землям, где были распространены формы на -оня. Встречается она редко, и это не случайно: фамилии от прозвищных форм имени (Маркоша, Маркуня, Марконя) всегда были менее частотны, чем от канонических (Марков, Маркин). Носитель фамилии Марконин — потомок человека, которого в своей среде звали не просто Марком, а именно Марконей. Это мог быть крестьянин, мещанин или казак — сословной привязки у такой модели нет, она бытовала в среде, где ценили живую, бытовую речь, а не официальную запись в метрике.

Есть и другая, менее вероятная версия: фамилия могла быть образована от прозвища Марконя, которое не связано с именем Марк. В некоторых говорах «марконя» — это диалектное название малорослого или суетливого человека. Но в отсутствие письменных источников, подтверждающих такое прозвище, версия с именем Марк остаётся основной.