Фамилия Маркончини — редкий для России случай итальянского происхождения, который практически не встречается в исконно русской ономастике. Её основа — личное имя Марко (итальянский аналог библейского Марк, от латинского «молот»). Суффикс -ончини — уменьшительно-ласкательная форма, характерная для северной и центральной Италии (особенно для Тосканы и Эмилии-Романьи). Таким образом, Маркончини переводится примерно как «маленький Марко» или «Марко-крошка» — прозвище, которое могло закрепиться за младшим сыном в семье, где отца или старшего брата уже звали Марко.

В России эта фамилия — почти наверняка привозная. Она могла появиться в XVIII–XIX веках вместе с итальянскими архитекторами, музыкантами, инженерами или торговцами, приглашёнными на службу в Петербург или Москву. Другой путь — через Одессу и южные порты, где оседали итальянские колонии. Массовой миграции итальяноязычных крестьян в Россию не было, поэтому Маркончини — фамилия штучная, почти наверняка принадлежавшая людям городских профессий, а не крепостным.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: корень Марк- + итальянский суффикс -ончин- + окончание -и (типичное для множественного числа в итальянских фамилиях, указывающее на принадлежность к роду). В русском языке фамилия не склоняется по падежам в мужском роде (Иван Маркончини, Петра Маркончини), а женский вариант остаётся неизменяемым (Анна Маркончини). Если бы фамилия была русской, мы бы ожидали суффикс -ов или -ин, но здесь — чистая итальянская конструкция, которая не адаптировалась под местные грамматические нормы.

Споров о происхождении практически нет: альтернативные версии, связывающие фамилию с тюркскими или славянскими корнями, лишены смысла, так как суффикс -ончини однозначно указывает на итальянский язык. В Италии фамилия Маркончини встречается в провинциях Ареццо, Сиена и Пезаро-Урбино — это зона исторической Тосканы, где уменьшительные формы на -ino/-oncino особенно распространены. В России носителей фамилии единицы, и все они, скорее всего, потомки тех самых итальянских специалистов, которые обрусели, но сохранили фамилию в исходном виде.