Фамилия Марковин — редкий случай, когда в основе лежит не церковное имя, а мирское прозвище Морковь. Так могли назвать человека по внешности (например, за рыжий цвет волос, напоминающий корнеплод) или в шутку, по аналогии с другими «овощными» прозвищами, бытовавшими в русской деревне. Замена гласного «о» на «а» (Морковь → Марковин) — прямое следствие севернорусских и среднерусских «акающих» говоров, где в безударной позиции звук редуцировался. Таким образом, фамилия буквально означает «потомок Моркови».

Принадлежность к именованию на -ин указывает на модель, типичную для северных и центральных регионов России: суффикс -ин присоединялся к основам на -а/-я. В данном случае — к основе Морковь, которая в бытовой речи осмыслялась как женское имя (хотя носителем прозвища мог быть и мужчина). Фамилия Марковин не получила широкого распространения, что объясняется неканоническим характером исходного прозвища: в официальных документах крестьяне редко фиксировали такие «смешные» имена, предпочитая более благозвучные варианты.

В отличие от более частотной фамилии Марков (от имени Марк), Марковин не имеет отношения к христианскому календарю. Это чисто бытовое, «домашнее» прозвище, которое могло закрепиться за целым родом в одной местности. Поиск по архивам показывает, что носители фамилии Марковин встречаются преимущественно в Поволжье и на Урале — регионах, куда в XVII–XVIII веках переселялись крестьяне из центральной России, сохранившие в обиходе старые нецерковные имена.

Словообразовательный разбор прост: корень морков-/марков- + суффикс -ин. Ударение, как правило, падает на последний слог — Марковин, хотя в некоторых говорах возможно ударение на первый слог. Варианты написания (Марковин, Морковин) фиксировались переписчиками на слух, поэтому в документах XVIII–XIX веков можно встретить обе формы.