Фамилия Маркин — одна из тех, что образованы напрямую от имени, но с неочевидным поворотом. В её основе лежит не сам Марк, а его производная форма — Марка. Именно так в быту называли человека, носившего одно из крестильных имён: Марк, Маркелл, Маркеллин или Маркиан. Все они восходят к латинскому корню со значением «мартовский» или «посвящённый Марсу», римскому богу войны. Отсюда и толкование — «воинственный». Впрочем, существует и другая версия перевода: некоторые лингвисты выводят значение «слабый, вялый, увядший». Спор этот идёт от многозначности латинского marcus, которое могло относиться и к молоту, и к увяданию, но в ономастике чаще принимают «мартовский» как основное.

Имена эти были на Руси широко распространены благодаря святцам. В православной традиции известно более двадцати святых покровителей имени Марк, десять — Маркелл, пять — Маркеллин и семь — Маркиан. Популярность имени обеспечила и частотность фамилии, которая образовалась по простой модели: к основе «Марк» или «Марка» добавили суффикс принадлежности -ин. Таким образом, Маркин — это буквально «чей?» — сын, потомок человека по имени Марка.

В документах фамилия встречается с XIX века. Например, в Книге памяти Красноярского края записан Маркин Алимпий Алексеевич, родившийся в 1870 году в Орловской губернии. Из Книги памяти Самарской области известен Маркин Александр Васильевич (1879 года рождения из села Подъячевка). Среди известных носителей — советский футболист Александр Андреевич Маркин (1949—1996), военный лётчик, Герой Советского Союза Андрей Михайлович Маркин (1922—1944) и революционер Николай Григорьевич Маркин (1893—1918).

Интересно, что фамилия могла возникать и вторично — от имени Марк напрямую, минуя форму Марка. Но модель с суффиксом -ин указывает на то, что в основе лежало имя, оканчивающееся на -а, то есть именно разговорное «Марка». Это типичный случай, когда церковное имя в быту сокращали или изменяли, а фамилия закрепляла уже народный вариант. Так что предки современного Маркина, скорее всего, звались в обиходе не Марк, а Марка — и это не уменьшительное, а полное обиходное имя.