Фамилия Маркиновы — довольно редкая, и её разбор требует внимания к деталям, которые не лежат на поверхности. Главная загадка здесь — не основа (с ней всё более-менее ясно), а суффикс и модель образования.

Самый вероятный источник фамилии — крестильное имя Марк (от латинского Marcus, предположительно «молот»). В русской традиции от него образовались десятки фамилий: Марков (самая частая), Маркин, Марковский. Но Маркинов стоит особняком. Если Марков — это «сын Марка» через суффикс -ов, то Маркинов — это «сын Маркина». То есть сначала от имени Марк появилось прозвище или отчество Маркин (чей? — Маркин сын), а уже от него, по той же логике, — Маркинов. Такая двухступенчатая модель (имя → фамилия на -ин → вторая фамилия на -ов) встречается, но нечасто. Она могла возникнуть, если носитель прозвища Маркин переезжал в другую местность и его детей записывали уже не как Маркины, а как Маркиновы — «дети Маркина».

Есть и вторая версия, более прозаичная. В некоторых говорах, особенно на севере и в Сибири, фамилии на -ов могли вытеснять более старые формы на -ин. Например, человека, которого в документах XVII века писали Маркин, его внуки могли числиться Маркиновыми — просто из-за смены канцелярского шаблона. Так что Маркиновы — это, скорее всего, «потомки Марка», но с поправкой на региональную или бюрократическую особенность.

Географически фамилия не привязана к одной области. Встречается и в центральных губерниях, и на Урале, но везде — единичными гнёздами, без массового распространения. Это говорит о том, что фамилия не вышла из какого-то одного крупного рода, а возникала в разных местах независимо, по описанной модели.

Что касается сословной принадлежности — Маркиновы не были ни княжеским, ни боярским родом. Скорее всего, это крестьяне или посадские люди, получившие фамилию по имени или прозвищу предка. Никаких громких исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано, что для ономастики даже интереснее: перед нами образец «тихой» фамилии, которая рассказывает не о дворянских титулах, а о живом языке и народной логике имяобразования.