Фамилия Маркинова — женская форма от Маркинов. Её основа — мужское имя Марки́н, которое в свою очередь образовано от имени Марк или его производной формы Марко. Суффикс -ин типичен для русских фамилий, образованных от имён или прозвищ, оканчивающихся на -а, -я: Марк — Маркин, отсюда и Маркинов. В данном случае добавочный суффикс -ов указывает на «вторичное» оформление: сначала от имени Марк образовали фамилию Маркин, а затем, возможно, под влиянием других фамилий на -ов, появился вариант Маркинов. Встречается и иной путь — от имени Марк с помощью суффикса -ин-ов, что встречается реже.

Само имя Марк имеет латинское происхождение и означает «молоток» или «посвящённый богу Марсу». В христианской традиции оно связано с апостолом Марком. В России имя было распространено среди духовенства и купечества, но в крестьянской среде встречалось реже. Поэтому носители фамилии Маркинов могли происходить из семей, где предка звали Марк или Марко. Географически фамилия тяготеет к центральным и южным регионам России, а также к Поволжью — там имя Марк в форме Марко было более употребительным среди старообрядцев и казаков.

Спорных версий у фамилии немного. Иногда её связывают с тюркским словом «марка» — «печать, клеймо», но это маловероятно: суффикс -ин чётко указывает на славянскую модель образования от личного имени. Более правдоподобно, что в некоторых случаях фамилия могла возникнуть от прозвища Марка — так называли человека, который ставил метки или клейма, но и здесь основа — то же имя.

В архивных записях фамилия Маркинов фиксируется с XVII века: например, в переписных книгах Курского края встречаются Маркиновы — крестьяне и однодворцы. В дворянских родословных эта фамилия не значится, что подтверждает её «низовое» происхождение: от имени деда или отца. Таким образом, Маркинова — фамилия, прямо указывающая на предка по имени Марк, без сложных социальных или географических наслоений.