Фамилия Маркина — одна из тех, что образована от имени предка через притяжательный суффикс -ин. В основе лежит не каноническое имя Марк, а его народная, обиходная форма — Марка. Так на Руси называли человека, носившего полное имя Марк, Маркелл, Маркеллин или Маркиан. Все эти имена восходят к латинской основе: основное значение — «мартовский» (родившийся в марте) или «посвященный Марсу», то есть «воинственный». Есть и другая, менее распространенная версия перевода — «слабый, вялый, сухой, увядший», но для ономастики она спорна и обычно уступает первой.

Имена этой группы были на Руси довольно частыми: в святцах значится более двадцати святых с именем Марк, десять — Маркелл, пять — Маркеллин и семь — Маркиан. Это объясняет, почему фамилия не стала редкой. Модель образования проста: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть Маркин буквально значит «сын или потомок Марки». Такое оформление (с -ин, а не -ов) типично для фамилий, образованных от имен и прозвищ на -а/-я.

Скорее всего, основатель рода Маркиных был человеком из простого сословия — крестьянином или ремесленником. В дворянской среде фамилии чаще оформлялись через -ов/-ев, да и фиксация в документах это подтверждает. Например, в Книге памяти Красноярского края записан Маркин Алимпий Алексеевич, родившийся в 1870 году в Орловской губернии. В Книге памяти Самарской области — Маркин Александр Васильевич (1879 года рождения, из села Подъячевка). Оба — выходцы из крестьянской среды.

Среди известных носителей фамилии — люди разных профессий. Александр Андреевич Маркин (1949—1996) был советским футболистом. Андрей Михайлович Маркин (1922—1944) — военным летчиком, Героем Советского Союза. Николай Григорьевич Маркин (1893—1918) — революционер. Эти примеры показывают, что фамилия не привязана к одному сословию или роду занятий, а бытует широко, от центральных губерний до Сибири.