Фамилия Маркинов — яркий пример того, как уменьшительная форма имени, пройдя через века, превратилась в устойчивое родовое прозвание. В её основе лежит каноническое имя Марк (от латинского Marcus — «молоток» или, по другой версии, посвящённый богу Марсу). Однако напрямую от полной формы Марк фамилии образовывались реже: крестьяне и посадские люди в быту чаще использовали производные варианты. Маркина — это не сын Марка, а сын Марки, то есть человека, которого в обиходе звали уменьшительно-ласкательно Маркиня или Маркина.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Маркинов, то есть «сын Маркина». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. Если бы исходная форма была Марк, мы бы получили Марков. А Маркинов — это вторая ступень словообразования: от промежуточной формы (Маркина) добавили ещё один патронимический суффикс. Это роднит фамилию с такими примерами, как Васькин — Васькинов или Петин — Петинов, где первоначальное отчество само стало основой для нового.

Географически фамилия Маркинов встречается не так широко, как Марков или Маркин, но имеет устойчивые очаги в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской и Ростовской областях. Это косвенно указывает на её позднее оформление: двойной суффикс мог закрепиться в среде, где документы фиксировали людей «по деду», а не только «по отцу». В некоторых говорах форма Маркиня могла быть не только уменьшительной, но и прозвищной — так могли называть человека маленького роста или с цепким, «молотковым» характером, но это лишь предположение без надёжных письменных подтверждений.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель на -инов (-ынов) описывается как редкая, характерная для фамилий, возникших от имён на -ина, -ыня. Маркинов — один из таких случаев, когда язык не пошёл по простому пути, а сохранил промежуточную форму, дав современному носителю уникальный ключ к тому, как именно звали его далёкого предка в повседневной жизни.