Фамилия Магонит — редкая, и её происхождение неочевидно. В первую очередь бросается в глаза суффикс -ит, который нехарактерен для русских фамилий. В русской ономастике суффикс -ит обычно указывает на иноязычное происхождение: он встречается у фамилий греческого, румынского или южнославянского корня (например, Магометов — через -ов, а не -ит). Поэтому версия, что Магонит — это русифицированная форма греческой или молдавской фамилии, выглядит правдоподобнее всего.

Основа Магон- может восходить к нескольким источникам. Самый прямой — личное имя Магон, которое в разных культурах имеет свои корни. В западнославянской и польской традиции Магон — это уменьшительная форма от имени Магнус (лат. «великий»). В итальянских и французских землях Магон — имя карфагенского происхождения (знаменитый полководец Ганнибал был из рода Магонидов). Однако носители фамилии Магонит в России, скорее всего, получили её не от карфагенян, а от переселенцев из Балканского региона или Малороссии, где имя Магон (или Магоня) бытовало как прозвище или крестильное.

Если отбросить экзотику, есть и более прозаичное объяснение. В русских говорах слово магонить могло означать «манить, привлекать» или, наоборот, «обманывать, плутовать». В этом случае фамилия образована от прозвища Магоня — человека, который умел уговорить или схитрить. Суффикс -ит в таком случае мог появиться под влиянием украинской или белорусской модели фамилий (сравните: Бондарит, Ковалит — от названий профессий). Тогда Магонит — это «сын Магони» или «потомок того, кого звали Магоня».

География фамилии узкая. По данным открытых источников, Магониты встречаются в основном в южных регионах России (Краснодарский край, Ростовская область) и на Украине. Это косвенно подтверждает версию о южнославянских или румынских корнях: фамилия могла прийти с переселенцами из Бессарабии или Болгарии. В центральных и северных областях России она практически не фиксируется.

Однозначного ответа на вопрос, кем были предки, нет. Скорее всего, фамилия невелика по числу носителей, и её история — это история одной семьи или нескольких родственных родов, вышедших из одной местности. Если корень действительно от имени Магон, предки могли быть крестьянами или мещанами, воспринявшими фамилию по имени отца. Если от прозвища — то человеком с хитроватым или обходительным характером. Точнее сказать сложно: фамилия не попала в классические словари русских фамилий (Унбегауна, Никонова), что говорит о её локальном, а не общерусском происхождении.