Фамилия Магонский — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает все прочие версии. Её основа — топоним Магоны или Магонь. На карте России и Беларуси есть несколько мелких деревень с таким названием, например, Магоны в Витебской области или Магонь в Псковской. Суффикс -ский в русских фамилиях чаще всего указывает на связь с местностью: Магонский — это «выходец из Магонов» или «помещик, владевший тем селом». Такая модель типична для польской и западнорусской шляхты, а также для духовенства, которое нередко получало фамилии по названию прихода.

Корень слова тёмный и, скорее всего, балтский или финно-угорский. В литовском есть слово «magas» — «куча, груда», в латышском «magonе» — «мак». Возможно, название деревни пошло от формы рельефа (холм, насыпь) или от обилия маков на поле. Но в любом случае, это не славянское прозвище, а заимствованный топоним, который потом стал фамилией.

Если отбросить географическую версию, можно предположить, что фамилия образована от прозвища Магон. В южнорусских говорах «магон» — это неодобрительное название медлительного, вялого человека (от глагола «магонить» — мешкать). Однако суффикс -ский для такого прозвища нетипичен: крестьянские фамилии чаще образовывались через -ов/-ев или -ин. «Магонский» звучит как «дворянский» или «семинарский» вариант, что подтверждает версию с названием села.

В дореволюционных списках фамилия встречается редко, в основном в западных губерниях — Могилёвской, Витебской, отчасти Смоленской. После 1917 года носители могли разъехаться по стране, но концентрация остаётся на северо-западе России и в Беларуси. Известных исторических деятелей с этой фамилией нет, что говорит о её локальном, а не общероссийском бытовании.

С точки зрения словообразования фамилия проста: основа Магон- плюс типичный для прилагательных суффикс -ск- и окончание -ий. Ударение, судя по произношению в тех регионах, чаще падает на второй слог: Маго́нский, хотя в некоторых семьях могли смещать на первый — Ма́гонский. Второй вариант ближе к польской акцентной норме, первый — к русской.