Фамилия Маганов в своей основе имеет мужское имя Маган. У этого имени, скорее всего, арабские корни: в переводе с арабского оно означает «вместе», «совместно», «сообща». Однако география бытования имени шире: оно встречается и в Якутии. Возможно, якутское имя Маган имеет схожее значение, так как якутский язык исторически контактировал с тюркскими языками через монгольское посредничество. Фамилия образована по стандартной русской модели с патронимическим суффиксом -ов, то есть буквально Маганов — это «сын Магана» или «потомок человека по имени Маган». Суффикс -ов указывает на то, что фамилия закрепилась в центральных и северных областях России, где такая модель была преобладающей. Редкость фамилии в том, что исходное имя Маган не входит в число распространённых христианских или славянских имён, что выдаёт её восточные, возможно, тюрко-монгольские или арабские истоки. Предки носителей фамилии могли быть выходцами из регионов, где имя Маган бытовало как личное, а затем, при переселении или переходе в русскую культурную среду, оно оформилось в фамилию по русскому образцу.