Фамилия Маганёва — женская форма фамилии Маганёв, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Она образована по типичной русской модели на -ёв, которая указывает на принадлежность: «чей?» — Маганёв, то есть сын или потомок человека по прозвищу Магань или Маган. Ударение в фамилии падает на последний слог, что характерно для многих фамилий на -ёв, возникших в северных и центральных говорах.

Основа Маган- вызывает несколько версий. Самая прямая и правдоподобная — от слова «маганить» в диалектах (например, в вятских и пермских говорах), что означало «обманывать, плутовать, хитрить». Тогда Маганя — прозвище хитрого, изворотливого человека, которому дали эту кличку за склонность к уловкам. В ономастике такие прозвища по чертам характера — одни из самых частых источников фамилий. В словаре русских фамилий Б. Унбегауна есть указание на основу «маган» как вариант «моган» (от «мога» — сила, мощь), но для Маганёва это менее вероятно, так как суффикс -ёв скорее закрепился за прозвищами, а не за личными именами.

Есть и более редкая версия: связь с тюркским словом «маган» — «хвала, прославление» или с именем Маган (вариант Магомед у народов Кавказа). Однако в русской среде такая фамилия чаще всего встречается именно в северных и уральских регионах (Архангельская, Вологодская области, Пермский край), где тюркские влияния минимальны. Поэтому версия с диалектным «маганить» выглядит основной.

В написании фамилии есть особенность: буква Ё в суффиксе. В документах советского времени её часто заменяли на Е, поэтому можно встретить вариант Маганева, но исторически и фонетически верная форма — с Ё, под ударением. Это не опечатка, а следствие орфографической практики, когда Ё не писали, хотя произносили именно так.

Кем могли быть предки Маганёвых? Скорее всего, крестьянами или посадскими людьми, получившими фамилию по прозвищу главы семьи. В сословном отношении фамилия не указывает на дворянство или духовенство — это типичная «бытовая» фамилия, закрепившаяся в простонародье. География бытования (север и Урал) намекает на возможную связь со старообрядческими общинами, где прозвища часто отражали ироничную оценку поведения.