Фамилия Маганеева ведет происхождение от мужского имени Маганей. В основе лежит арабское имя Маган, которое переводится как «вместе, совместно, сообща». Выбор такого имени мог отражать пожелание, чтобы ребенок вырос добрым, внимательным к людям, умеющим действовать сообща.

Имя Маган встречается в Якутии. Якутский язык долго контактировал с тюркскими и монгольскими языками, поэтому значение могло сохраниться или быть близким к исходному. Фамилия образована по русской модели: к основе Маганей добавили суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?»). Так из имени Маганей получилась фамилия Маганеев, а ее женская форма — Маганеева.

Тюркский элемент -оглы («сын, потомок») здесь отсутствует: фамилия оформлена по славянскому образцу, хотя имя-основа восточного происхождения. Встречаются разные варианты написания: через «а» или «о» во втором слоге (Маганеев — Моганеев), но основной закрепился с буквой «а». Фамилия редкая, ее носители живут в основном в Поволжье и на Урале, что совпадает с зонами исторических контактов русского и тюркского населения.