Фамилия Магнеева — женская форма, а мужская, Магнеев, образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: с помощью суффикса -ев от основы, оканчивающейся на мягкий согласный. В данном случае это основа «Магн-», что сразу указывает на необычное, нерусское происхождение корня.

Скорее всего, в основе фамилии лежит латинское слово magnus — «великий, большой». В русской традиции оно попало через церковные имена: известно редкое каноническое имя Магн (в святцах — мученик Магн, почитаемый православной церковью). От него и пошла фамилия Магнеев — «сын (или потомок) Магна». Такие имена, хоть и редко, давали в крестьянской и мещанской среде, особенно в XVIII–XIX веках, когда церковь требовала строго календарных имён.

Есть и вторая, более бытовая версия: прозвище Магней могли дать человеку, связанному с магнитом или магнитным железняком. В говорах слово «магнит» нередко сокращали до «магний» или «магней». Тогда фамилия указывала на занятие предка — например, на кузнеца, рудознатца или торговца металлом. Эта версия правдоподобна для регионов Урала, где добыча железной руды была основным промыслом, и прозвища по ремеслу давали часто.

Суффикс -ев, а не -ов, подтверждает, что основа оканчивалась на мягкий согласный («н» в слове «Магней»). Фамилия редкая: в современных базах данных она встречается единично, преимущественно в центральной России и на Урале. Сословные перегородки для неё нехарактерны — носители могли быть и крестьянами, и духовенством (церковные имена давали часто), и горнозаводскими рабочими.