Фамилия Махнеева — женская форма фамилии Махнеев, и её происхождение напрямую связано с разговорным именем или прозвищем Махней. Основа здесь — глагол «махать» или существительное «мах», которое в русских говорах имело несколько значений: от «взмаха» до «размаха» и даже «удара». Человек по прозвищу Махней мог получить его за резкие, размашистые движения, за манеру широко жестикулировать при разговоре или, напротив, за неспешность и «размашистость» в работе.

Фамилия образована по распространённой модели: к основе на -ей добавили суффикс -ев (Махней → Махнеев). В русской ономастике это типичный патроним (отчество), который закрепился как фамилия. Важно, что суффикс -ей в прозвище — не просто окончание, а характерный для северных и центральных говоров способ образования имён: ср. Балахней, Шевелей, Гуляй. То есть Махней — это не имя, а именно прозвище, которое указывало на поведение или внешность.

Если копнуть глубже, есть и версия, что Махней могло быть производным от крестильного имени Матфей (в народной форме Махвей), но это менее вероятно: переход «ф» в «х» встречается (как в имени Махвей вместо Матвей), но суффикс -ей здесь не объясняется. Более правдоподобно, что прозвище Махней возникло самостоятельно, от глагольной основы.

Регионально фамилия Махнеев (и соответственно Махнеева) чаще всего встречается на Урале и в Зауралье — в Пермской, Свердловской, Челябинской областях. Это не случайно: в этих краях были сильны традиции прозвищ, образованных от бытовых действий. Предки носительницы фамилии могли быть крестьянами или мастеровыми — людьми, чьё прозвище дали окружающие за характерную черту поведения.

В написании фамилии стоит обратить внимание на окончание -ева, а не -ова: это указывает на то, что основа в мужской форме заканчивается на мягкий согласный (Махнеев, а не Махнов). Такое различие — не ошибка, а точный след того, как звучало исходное прозвище.