Фамилия Михнеева — женская форма фамилии Михнеев, которая образована от мужского имени или прозвища Михней. Основа здесь — народная форма канонического имени Михаил, а точнее его производная: Михей. В русской ономастике Михей — это либо краткая форма от Михаила (как Петя от Петра), либо самостоятельное имя, которое носил один из библейских пророков. Но в быту, особенно в крестьянской и посадской среде XV–XVII веков, имя Михей и его варианты (Михня, Михно, Михейка) были распространены повсеместно. От них через притяжательный суффикс -ев и возникла фамилия: Михней → сын Михнеев → Михнеев.

Суффикс -ев указывает на «чей?» — то есть Михнеев буквально означал «сын Михнея». Михней, в свою очередь, — это разговорная форма имени Михей с характерным для северных и центральных говоров окончанием -ей (сравните: Тимофей — Тимох, но Тимоха — Тимохей). Такая модель образования встречается реже, чем стандартное -ов, но тоже входила в активный обиход: Михнеев, Тимохеев, Алексеев. Если бы основой было полное имя Михей, суффикс был бы -ин (Михеин), но здесь мы видим именно производную форму, что говорит о живом прозвищном происхождении.

Географически фамилия Михнеева (и мужская Михнеев) чаще всего встречается в регионах, где исторически была сильна традиция «окающих» говоров и уменьшительно-пренебрежительных форм имён: Владимирская, Костромская, Нижегородская губернии, а также на Урале. Встречается и в южнорусских областях, но реже. В переписных книгах XVII века можно найти крестьян и посадских людей с именем Михней, особенно в вотчинах Строгановых, где активно селили выходцев с севера.

Социальный состав носителей фамилии — преимущественно крестьянство и мещанство. Дворянских родов с такой фамилией практически нет, что подтверждает её «низовое» происхождение: имя Михей в среде высшего сословия почти не употреблялось, там предпочитали полную форму Михаил. В XIX веке фамилия фиксируется в метрических книгах как у государственных, так и у помещичьих крестьян.

Однокоренные фамилии — Михеев, Михно, Михнюк, Михалёв — все восходят к тому же корню, но с разными суффиксами. Михнеева выделяется именно редким сочетанием «Михней + -ев»: это не просто «сын Михаила», а именно «сын того, кого звали Михней», то есть форма, подчёркивающая прозвищный, а не святцевый характер имени. Если встретили Михнееву — перед вами фамилия, которая сохранила живую, разговорную, а не книжную традицию русского имянаречения.