Фамилия Михнеко звучит на слух как украинская или белорусская, и это первая зацепка. Её выдает суффикс -енко, который в восточнославянской ономастике традиционно означает «сын» или «потомок». В украинском и белорусском языках фамилии на -енко были особенно распространены в центральных и южных регионах, а также на землях бывшего Великого княжества Литовского. Таким образом, Михнеко — это «сын Михны», а Михна — это народная форма крестильного имени Михаил.

Имя Михаил пришло на Русь вместе с христианством из древнееврейского (означает «кто как Бог»), но в быту оно быстро обросло уменьшительными вариантами. Михна — одна из таких форм, наряду с более известными Михей, Михал, Миша. Суффикс -на в данном случае не уменьшительно-ласкательный, а скорее усеченный, как в именах Гаврила (от Гавриил) или Данила (от Даниил). От этого корня образованы и другие фамилии — Михнев, Михненко, Михнов. Михнеко выделяется тем, что сохранила белорусскую огласовку: в украинском варианте чаще встречается Михненко, с дополнительным -н- в середине.

Географически фамилия Михнеко тяготеет к Гомельской и Могилёвской областям Беларуси, а также к Смоленщине и Брянщине в России. В XVIII–XIX веках носители такой фамилии чаще всего были крестьянами или мещанами, поскольку дворянские роды с окончанием -енко в этих землях редки и обычно фиксируются в шляхетских списках под польскими вариантами вроде Михневич. Прозвище Михна могло закрепиться за человеком не только по имени отца, но и по характеру: в некоторых говорах «михна» называли медлительного или простоватого человека, хотя эта версия менее надежна, так как имя-основа перевешивает.

Написание фамилии с буквой «е» на конце (Михнеко, а не Михнеков) — верный признак того, что она не прошла русификацию через суффикс -ов. Это говорит о том, что предки носителя, скорее всего, оставались в среде украинского или белорусского языка, где патронимическая модель на -енко сохранялась как живая. В документах XIX века могли встречаться варианты Михненко или Михнѣко, но современная орфография закрепила простой и ясный вид.