Основой фамилии Михненков послужило одно из имён: Михно, Михня или Михень. Все эти имена представляет собой производные формы крестильного имени Михаил, которое в переводе с древнееврейского языка означает «равный, подобный Богу». Суффикс -енко указывет на то, что фамилия Михненков сформировалась под украинским влиянием. Фактически фамилия Михненков представляет собой отчество второго порядка: Михненков - сын челвоека по фамилии Михненко и внук Михни. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Михня, со временем получил фамилию Михненков.