Фамилия Михаенков — классический пример того, как русская фамилия «съела» лишний слог, сохранив звучание. В её основе лежит имя Михаил, но не напрямую, а через народную форму Михаенок. Этот вариант (с суффиксом -енок) был распространён в западных и южных говорах: на Смоленщине, в Белоруссии, на Брянщине. Там уменьшительно-ласкательные имена часто строили по модели «корень + -енок»: не Михайло, а именно Михаенок (буквально «маленький Михаил»). Когда носитель такого прозвища или неофициального имени перебирался севернее или восточнее, в регионы, где фамилии оформляли через -ов, прозвище Михаенок обрастало стандартным патронимическим суффиксом. Так и получилась форма Михаенков — «сын Михаенка».

Суффикс -енок в основе — редкая деталь. В большинстве русских фамилий на -ов корень заканчивается на твёрдый согласный (Иванов, Петров). Здесь же корень смягчён (Михаенок — через «е»), что выдает южнорусское или белорусское происхождение первого носителя. Интересно, что фамилия могла возникнуть и без переезда: в тех же говорах, где говорили «Михаенок», фамилии иногда записывали сразу с -ов, как бы «русифицируя» местный вариант. То есть предок мог всю жизнь прожить в одном селе, а в метрику попасть как Михаенков, хотя соседи звали его по отцу — Михаенок.

Менее вероятная, но встречающаяся в ономастике версия — связь с прозвищем Михай (тот же Михаил, но в грубоватой, простонародной форме). В этом случае Михаенок — это «сын Михая», а Михаенков — уже внук. Но лингвистически проще объяснить форму через прямое уменьшительное имя, тем более что суффикс -енок в прозвищах был активен именно для обозначения детей и молодых людей.

Фамилия редкая, недворянская, крестьянская по происхождению. Её география — юго-запад России и восток Беларуси. Встречается в вариантах Михеенков (с «е» после «х» — более фонетически точная запись того же звучания) и Михеёнков. Носители фамилии — потомки тех, кого в своей среде называли ласково-уменьшительно, но при официальном учёте добавили стандартный родовой суффикс.