Фамилия Михаенко — яркий представитель украинской модели образования фамилий на -енко. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев или -ин, суффикс -енко в XVII–XVIII веках был распространён в первую очередь на землях Речи Посполитой, а затем и в Гетманщине. Изначально он придавал уменьшительно-ласкательный оттенок, но к XIX веку закрепился как стандартный патронимический — то есть указывал на сына: Михаенко буквально значит «Михайлов сын», «Михайлович».

В основе лежит каноническое имя Михаил, которое пришло на Русь из греческого языка и означает «кто как Бог». В украинском и южнорусских говорах имя давало несколько производных форм: Михай, Михей, Миха — вот от последней, усечённой, и образована фамилия Михаенко. Суффикс -а- в основе (Миха-енко, а не Мих-енко) встречается реже, чем, скажем, у фамилии Михеенко, что делает её более локальной.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины: Черкасской, Полтавской, Киевской, а также к Кубани и югу России, куда в XIX–XX веках переселялись украинские крестьяне. Встречается и в Беларуси, но там чаще фиксируются варианты Михеенко или Михненко.

Сословно носители фамилии были преимущественно из казаков и крестьян. Дворянских родов с такой фамилией в Российской империи не зафиксировано — суффикс -енко в малороссийской среде оставался знаком низкого или служилого происхождения, в отличие от польских шляхетских фамилий на -ский.

С точки зрения словообразования интересно, что фамилия сохранила чередование гласных: в украинском языке имя Михайло даёт форму Михайленко (с й), а Михаенко — результат стяжения (выпадения й), характерного для разговорной речи. Это же явление видим в фамилиях Бондаренко — Бондар, Шевченко — Шевчик. Таким образом, Михаенко — не просто вариант, а свидетельство живой фонетики того времени.